Trường THCS Trần Quốc Toản thành lập theo Quyết định số 3716/GDTCCB, ngày 20  tháng 8 năm 1998 của Sở GDĐT tỉnh Phú Yên trên căn cứ quyết định số 637/QĐ-UB  về việc phân cấp cho Sở GDĐT quản lý ngành GDĐT trong phạm vi toàn Tỉnh, chuyển cơ sở vật chất và bộ phận giáo viên THCS của Trường PTCS cấp 1-2 phường 4 và đổi tên thành Trường THCS Trần Quốc Toản thuộc Phòng Giáo dục và Đào tạo thành phố Tuy Hòa.

          Cùng với sự quyết tâm phấn đấu không mệt mỏi của thầy và trò, sự giúp đỡ của các cấp uỷ, chính quyền và nhân dân, với hơn 20 năm xây dựng và trưởng thành, trường THCS Trần Quốc Toản có một cơ ngơi khang trang, đủ sức đáp ứng yêu cầu đổi mới của ngành giáo dục và xã hội.

          Nhà trường đã từng bước được củng cố, phát triển cả về quy mô trường lớp và chất lượng giáo dục; đội ngũ cán bộ quản lí, giáo viên đủ về số lượng, đạt chuẩn về trình độ đào tạo, tương đối đồng bộ ở các môn đáp ứng tốt yêu cầu nhiệm vụ, 100% cán bộ quản lý và giáo viên đạt chuẩn đào tạo trong đó có 67 trên chuẩn, 01 đang đào tạo trên chuẩn.

          Chất lượng giáo dục HS ngày càng được nâng cao; cơ sở vật chất, trang thiết bị phục vụ dạy và học được đầu tư tương đối đầy đủ; cảnh quan nhà trường khang trang, sạch đẹp cơ bản đáp ứng yêu cầu dạy học và các hoạt động giáo dục khác trong tình hình hiện tại.

          Nhiều năm liền nhà trường được công nhận là đơn vị Lao động tiên tiến, Tập thể Lao động xuất sắc. Công đoàn, Đoàn TNCS Hồ Chí Minh vững mạnh xuất sắc, luôn hoàn thành xuất sắc mọi nhiệm vụ, hàng năm được cấp trên tặng Giấy khen, Bằng khen. Nhiều cán bộ, giáo viên đạt giải cao trong các cuộc thi cấp cơ sở, cấp Tỉnh. Số lượng GV dạy giỏi cấp tỉnh, học sinh giỏi cấp tỉnh ngày càng tăng. Tỉ lệ HS tốt nghiệp THCS hàng năm của trường luôn cao hơn mặt bằng chung của Thành Phố.